바이오안전성의정서는 환경과 개발에 관한 리우선언 원칙 제15 심각한 또는 회복불가능한 손상의 위협이 있는 경우에는 완전한 과학적 확실성의 결여가 환경파괴를 방지하는 비용절약적인 조치의 실시를 지연시키기 위한 이유로 이용되어서는 안된다는 ‘리우선언 원칙 제15’에 포함된 사전예방적 접근(Precautionary Approach)에 따라 현대 생명공학기술에 의한 유전자변형생물체(LMOs)의 국가간 이동에 초점을 두고 생물다양성 및 인체건강에 미칠 수 있는 위해성으로 부터 유전자변형생물체의 이동, 취급 및 사용분야에서 적절한 보호수준을 보장하는데 기여하는 것이다(바이오안전성의정서 제1조).

바이오안전성의정서는 환경과 개발에 관한 리우선언 원칙 제15에 따른 사전예방원칙에 근거하여 바이오안전성을 확보하기 위한 적절한 보호수준을 보장하고 있다. 사전예방원칙은 의도적 환경방출용, 식용.사료용.가공용, 밀폐사용용 유전자변형생물체(LMOs) 모두에 적용된다. 바이오안전성의정서에 따르면, 인체위해성을 고려하여 생물다양성의 보전과 지속가능한 이용에 대한 유전자변형생물체(LMOs)의 잠재적인 악영향에 관한 불출분한 정보에 기인하여 과학적 확실성이 없다는 이유로 수입국이 사전예방원칙에 입각하여 그러한 잠재적인 악영향을 회피하거나 최소화하기 위해 유전자변형생물체(LMOs)의 수입에 대한 적절한 결정을 내리지 못한다(바이오안전성의정서 전문, 제1조, 제10조 제6항, 제11조 제8항).

유전자변형생물체(LMOs)란 현대 생명공학기술을 이용하여 얻어진 새로운 유전물질의 조합을 포함하고 있는 모든 생물체를 말한다(바이오안전성의정서 제3조 부록 참조).

바이오안전성의정서는 생물다양성의 보전 및 지속가능한 사용, 인체건강에 위해성을 미칠 수 있는 유전자변형생물체(LMOs)의 국가간 이동, 경유, 취급 및 사용분야에 적용되며(바이오안전성의정서 제4조), 환경방출용 유전자변형생물체, 직접적인 식용·사료용·가공용, 경유 및 밀폐사용를 적용대상(바이오안전성의정서 제6조, 제7조)으로 구분하고 안전성확보를 위한 차별화된 교역절차를 적용하고 있다. 그렇지만, 여타 국제기구 및 국제협약에서 지정된 인체의악품용 유전자변형생물체는 그 적용이 배제된다.

① 의도적 환경방출용 유전자변형생물체(바이오안전성의정서 제18조) 수입국 환경에 의도적으로 방출되는 농산물 종자, 환경정화용 미생물, 미생물 농약 등이 해당되며 이러한 유전자변형생물체는 최초 국가간 이동에 앞서 수입국의 사전승인을 요하며 엄격한 사전통보합의(Advance Informed Agreement: AIA)절차가 적용된다(바이오안전성의정서 제6조-제10조 및 제12조). 또한 취급, 운송, 포장시에 철저한 안전조치를 취해야하며 유전자변형생물체(LMOs)임을 명기해야 한다.

② 직접적인 식용·사료용·가공용 유전자변형생물체(LMOs) 직접적인 식용·사료용·가공용 유전자변형생물체(LMOs)는 바이오안전성의정서의 사전통보합의(AIA)절차에 적용되지 않는다(바이오안전성의정서 제7조 제3항). 그렇지만, 바이오안전성의정서의 목적과 부합되는 각국의 국내법령에 따라 사전통보합의(AIA)에 준하는 절차를 적용할 수 있다(바이오안전성의정서 제11조). 또한 취급, 포장, 운송시에 환경에 방출되지 않도록 안전조치를 취해야 함은 물론 선적서류 등에 유전자변형생물체(LMOs) 포함가능성을 명기해야 한다(바이오안전성의정서 제18조).

③ 경유 및 밀폐사용용 유전자변형생물체(LMOs) 경유 및 밀폐사용용 유전자변형생물체(LMOs)는 바이오안전성의정서의 사전통보합의(AIA)절차에 적용되지 않는다(바이오안전성의정서 제6조 제1항 및 제2항). 그렇지만, 취급, 운송, 포장시에 안전조치를 취해야 함은 물론 유전자변형생물체(LMOs)임을 명기해야 한다(바이오안전성의정서 제18조).

바이오안전성의정서는 유전자변형생물체의 위해성 평가와 위해성 관리를 통해 가능한 위해성을 최소화하기 위한 규정을 갖추고 있다. 동 의정서에 의하면, 위해성 평가는 과학적인 방법에 따라 인정된 평가기술에 의해 이루어져야 하고, 평가목적으로 제공된 정보 및 기타 이용가능한 과학적 증거에 기초하여야 한다. 이러한 위해성평가는 유전자변형생물체가 생물다양성의 보전 및 지속가능한 이용에 미칠 수 있는 부정적인 영향과 인간건강에 미칠 수 있는 위해를 고려하여 가능한 악영향을 밝혀야 한다(바이오안전성의정서 제15조). 아울러 당사국들은 위해성을 규제, 관리, 감독할 적절한 체계, 조치, 전략을 수립하고 운영해야 한다(바이오안전성의정서 제16조). 이처럼 바이오안전성의정서는 과학적인 근거 및 공인된 평가방법에 의해 위해성 평가가 실행되어야 하며, 동일한 위해성의 규제, 극복 및 통제를 위한 적절한 수단, 조치 및 전략을 수립하고 포함하는 위해성관리에 관한 일반적인 의무를 당사국에 부여하고 있다.

당사국은 유전자변형생물체의 국가간 이동시 취급, 포장, 운송에 대한 안전조치를 취해야 하고 유전자변형생물체임을 명기해야함은 물론, 유전자변형생물체의 용도에 따라 분류·명기하고 동반 서류에 관련 정보를 명기해야 한다.

각 당사국은 바이오안전성의정서 사무국과 연락할 국가연락기관(National Focal Point: NFP)과 국가책임기관(Competent National Authority: CNA)를 지정해야 한다. 여기서 국가책임기관은 동 의정서가 요구하는 행정적인 기능을 담당하고 해당 국가로부터 권한을 위임받는다(바이오안전성의정서 제19조).

생물다양성협약 제18조 제3항에 근거한 정보교환기구(Clearing House Mechanism: CHM)의 부속으로 바이오안전성정보센터(Biosafety Clearing House)를 설치하여 국제적 정보교환체계 역할을 수행하도록 한다.

당사국은 인간건강에 대한 위해를 고려하여 생물다양성의 보전 및 지속가능한 이용과 관련한 유전자변형생물체의 안전한 이동, 취급 및 사용에 대하여 공공인식, 교육 및 참여를 장려·촉진하고, 이의 이행을 위해 다른 당사국 및 국제기구와 적절히 협력해야 한다. 아울러 각국의 법령 및 규정에 따른 유전자변형생물체와 관련된 의사결정과정에 공공과 합의하고 그 결정 결과를 공공이 이용가능 하도록 하여야 한다.

당사국과 비당사국간의 유전자변형생물체의 이동은 의정서의 목적과 원칙에 부합하여야하고 당사국은 양자간, 다자간 및 지역적 협정 또는 약정을 체결할 수 있다. 아울러 당사국은 비당사국이 의정서에 따르도록 하고 비당사국의 영토에서 방출되거나 이동하는 유전자변형생물체에 대해 바이오안전성정보센터에 적절한 정보를 제공하도록 권장해야 한다.

당사국은 수입결정시 국제적 의무에 부합하되 유전자변형생물체가 생물다양성의 보전 및 지속가능한 이용, 특히 지역사회의 생물다양성에 대한 가치를 고려할 수 있다고 언급하고 있어서, 소위 사회·경제적 요소가 국가결정을 위한 근거로 이용될 수 있음을 규정하고 있다. 아울러 관련 사회·경제적 영향 등에 대한 관련연구과 정보교환을 위한 협력을 요구하고 있다.

당사국회의의 역할을 수행하는 당사국총회의 제1차 회의에서 책임과 피해배상문제에 관한 국제법상의 절차를 분석하고 고려하여 유전자변형생물체의 국가간 이동에 의해 초래될 손해에 대한 책임과 피해배상 분야에 있어 적절한 국제규정과 절차를 마련하기 위한 작업과정을 채택하고 이러한 과정을 4년 이내에 완료할 수 있도록 노력한다고 규정하고 있다.

바이오안전성의정서 정부간위원회(Intergovernmental Committee for the Cartagena Protocol on Biosafety: ICCP)의 작업계획에 따라 ICCP-2(2001년 10월 1일-5일, 나이로비 케냐)와 ICCP-3(2002년 4월 22일-26일, 헤이그 네덜란드)에서 LMOs의 국가간 이동으로부터 야기될 손해에 대한 책임과 배상분야에 대한 논의가 있었다. 그 주요 논의내용은 국제 및 국가차원에서의 유전자변형생물체의 국가간 이동에 따른 손해에 대한 책임 및 피해배상에 관한 법적 프레임웍 고찰, 의정서 제27조의 책임 및 피해배상과 관련하여 제27조의 이해, 유전자변형생물체의 국가간 이동유형, 유전자변형생물체의 책임 및 피해배상에 관한 규정/절차의 기능, 유전자변형생물체의 국가간 이동에 따른 손해의 정의, 유전자변형생물체의 국가간 이동에 따른 손해에 대한 책임주체 및 피해보상방법, 제27조의 운용수단, 의정서 제27조와 관련된 기타 고려요소 파악 등에 관한 것이다.

바이오안전성의정서는 협약 당사국 중 최종 50번째 비준, 수락, 승인서 또는 가입서가 기탁된 날로부터 90일 이후에 발효한다.